Раздел Музея "Геодинамика и эндогенные процессы" посвящен процессам, происходящим в недрах Земли. Экспозиции показывают, как развивалась Земля с момента ее образования, как формируется океаническая и континентальная земная кора, какие типы горных пород ее формируют, как возникают вулканические извержения и землетрясения.

Здесь можно познакомиться с основами теории тектоники литосферных плит, понять, как формируются и перемещаются материки и эволюционируют океаны. Важную часть экспозиции этого этажа составляют уникальные коллекции метеоритов, продуктов вулканических извержений и горных пород.

Новые поступления - натурные экспонаты, которые в ближайшее время пополнят экспозиционные коллекции, регулярно экспонируются в форме временных выставок.